故事发生在二十一世纪末，彼时，魔法早就已经不再仅存与神话和传说之中，而是同科学与超能力融合，成为了人尽皆知的存在。国家甚至成立了魔法大学附属第一高校，专门培养此方面的人才，以便更好的为国家效力。
　　司波达也（中村悠一 配音）和妹妹司波深雪（早见沙织 配音）是魔法高校的新生，深雪是能力优秀的“花冠”，而达也则是作为其替补的二科生“杂草”。在学园中，兄妹两人结识了许多有趣的同伴们——个性大大咧咧不拘小节的千叶艾丽卡（内山夕实 配音）、文静胆小的柴田美月（佐藤聪美 配音）、正直勇敢的西城雷欧哈鲁特（寺岛拓笃 配音）、认真努力的吉田干比古（田丸笃志 配音），在学习的过程中，存在于学园之中的秘密也在逐渐揭晓。

主要人物TV动画《魔法科高校的劣等生 来访者编》第2弹PV公开。PV中除了收录了达也等人就吸血鬼事件进行对话的样子之外，还出现了《来访者篇》的重要角色安吉莉娜‧九岛·谢尔兹。另外，《来访者篇》的OP决定为ASCA的《Howling》，ED决定为佐藤ミキ的《无名之花》。在PV中也使用了ASCA的《Howling》。此外，可以制作魔法科高中风格的学生证图像的“魔法科高中的劣等生学生证生成器”也出现在了动画的官方网站上。